1、董事长欧阳平凯院士入选教育部高等学校生物科学与工程教学指导委员会副主任委员；出任中国石油和化学工业协会技术创新推进委员会副主任；受聘中国科学院上海有机化学研究所名誉教授。
2、应汉杰、吕浩、韦萍、万红贵、黄和、赵谷林等完成的“基于高能磷酰化合物的关键技术研究及其应用”项目，荣获中国石油和化学工业协会技术发明一等奖。该获奖成果已创利5.2亿元。
3、国家863项目申报工作取得重要突破：黄和、韦萍、应汉杰、何冰芳、沈树宝、徐虹等教授负责的项目，分别入选国家863项目计划，总经费高达4000多万元；国家自然科学基金申报再获新高：姜岷、黄和、徐虹、卢定强等负责的项目，分别获得国家自然科学基金资助；沈树宝、何冰芳、李学明等负责的项目分别获得江苏省自然科学基金资助。据统计，2006年，公司科研经费到款2100余万元，超额完成学校年初下达的指标。全院2006年发表SCI论文数13篇，较前几年亦有很大突破。
4、公司科技自主创新模式受到省委、省政府高度关注，董事长欧阳平凯院士应邀在全省科技创新大会上作典型发言，中央、省、市媒体广泛报道。“江苏省工业生物技术创新中心”建设项目正式启动；首届长三角生物技术创新论坛暨产学研结合推进会在公司胜利召开； “国家轻工业食品质量监督检测南京站”、“国家轻工业香料化妆品质量监督检测南京站”正式挂靠公司。
5、公司本科教学评建创优工作取得全面胜利。何冰芳教授主持的《生物化学》荣获600cc全讯白菜自助注册精品课程称号；姚丽丽、方正、李霜、李环、王永禄等分别获得600cc全讯白菜自助注册青年教师授课竞赛一、二、三等奖；胡永红、姚忠、应汉杰、韦萍、刘洋完成的《生物分离工程》教学课件，获江苏省高校多媒体教学课件竞赛三等奖；谢宁昌、吴昊、宫长斌、孟政杰、胡永红、何冰芳完成的《生物化学实验》多媒体软件，获江苏省高校多媒体教学好课件奖；熊晓辉负责的“食品工厂设计”、陈国广负责的“药剂学”等4门课程被列为2006年度精品课程建设项目；熊晓辉负责的“食品科学与工程”专业被列为2006年度品牌特色专业建设项目；曹飞负责的“基于系统化的生物工程专业实验建设”、王永禄负责的“医用动物学实验技术创新”被列为2006年度教学改革立项课题。姚丽丽、方正、李霜、李环、王永禄等分别获得600cc全讯白菜自助注册青年教师授课竞赛一、二、三等奖。徐虹、李莎指导的创业团队作品获江苏大学生创业计划竞赛特等奖；姚忠、朱颐申指导的创业团队作品获江苏大学生创业计划竞赛二等奖。在教材建设方面，公司主编及参编教材9部。其中，欧阳平凯主编的《生物分离原理及技术》、熊晓辉主编的《食品工厂设计》入选国家“十一五”规划教材。徐虹、李莎指导的创业团队的作品《江苏锐盛生物科技有限责任公司创业计划书》，获江苏大学生创业计划竞赛特等奖；姚忠、朱颐申指导的瑞尔创业团队的作品《南京瑞尔生物科技有限公司创业计划书》，获江苏大学生创业计划竞赛二等奖。
6、生物化工、发酵工程入选“十一五”期间江苏省重点学科。其中生物化工为国家重点学科培养建设点。发酵工程入选江苏省重点学科。发酵工程博士学位授权点、药物化学和食品科学硕士学位授权点，开始正式招生。公司产品创新工程取得可喜成绩：徐虹指导的研究生吴群申报的“γ－聚谷氨酸生物合成的代谢途径合代谢工程研究”项目、欧阳平凯指导的研究生郝宁申报的“氮代谢全局调控基因amtR对谷氨酸棒杆菌氨基酸代谢的研究”项目，分别入选2006年“江苏省高校研究生科技创新计划项目”；周华指导的研究生秦为民完成的“甘氨酸席夫碱Ni(II)复合物法不对称合成α-氨基酸”论文，入选2006年江苏省优秀硕士学位论文；卢定强负责的“工业生物技术公司产品创新中心建设与开放的研究与实践”课题、胡永红负责的“新世纪团队建设创新体系与运行机制研究”课题，分别入选“十一五”江苏省研究生教育创新课题。
7、徐虹教授入选“江苏省科技创新十大女杰”候选人；韦萍教授入选江苏省“六大人才高峰”；姚忠副教授入选江苏省2006年度“青蓝工程”优秀青年骨干教师培养对象；何冰芳教授、胡永红教授入选600cc全讯白菜自助注册教学名师；黄和教授入选600cc全讯白菜自助注册“青年学术带头人”培养对象。
8、学院集体荣获600cc全讯白菜自助注册教书育人先进集体称号；刘晓宁、黄和被评为600cc全讯白菜自助注册教书育人先进个人；何冰芳入选600cc全讯白菜自助注册“师德十佳”；陆丽霞荣获“工大集团奖教金”；范伟平荣获“江苏省高校优秀共产党员”称号；学院团委获600cc全讯白菜自助注册思想政治教育工作先进集体称号；缪昌美获600cc全讯白菜自助注册思想政治教育工作先进个人称号。学生党员发展三级公示制度被评为600cc全讯白菜自助注册党建工作创新成果一等奖。朱大伟被评为江苏省暑期大学生社会实践活动优秀指导教师；王浩被评为校优秀辅导员；陈晓晔被评为校优秀班主任。
9、公司建立客座教授制度，沈爱琴、曹于平等一批业界风云人物应聘担任公司客座教授，走进公司“创业创新创优名人论坛”为学生励志。
10、公司被评为600cc全讯白菜自助注册体育工作先进集体；刘晓宁、缪冶炼教授被评为校体育工作先进个人；公司获得第四届校运会教工组团体总分第二名、第五届教工乒乓球比赛男子组第三名和女子组第三名。
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